“HiSeq 測序系統既有Illumina和Solexa在邊合成邊測序上的優勢，又融合了新的光學和系統設計。這些創新重新定義了測序的軌跡，將人類基因組的測序費用降至1萬美元以下。”
HiSeq1000與Hiseq2000測序系統的相同之處在于兩者都采用相同的儀器外觀、工作原理、操作流程及數據處理系統；不同之處在于HiSeq1000配有1張flowcell，單次運行能產生300G的數據量，HiSeq2000配有2張flowcell，單次運行能產生600G的數據量。
HiSeq 2000 HiSeq 1000 產量 (2 × 100 bp) 600 Gb 300 Gb 運行時間 ~11 days ~8.5 days 簇生成 cBot cBot 末端配對讀取 6 Billion 3 Billion 單個讀取 3 Billion 1.5 Billion 讀長 2 × 100 bp 2 × 100 bp 質量值 > 85% (2 x 50 bp)
(2 × 100 bp)
> 80% (2 x 100 bp)
Hiseq2000 新一代高通量測序系統特點
1、前所未有的產量——HiSeq 2000能夠在單次運行中產生600 Gb的數據，每天產生55 Gb。該系統使用兩個流動槽和一種新穎的雙表面成像方法，能夠使測序通量及實驗靈活性提升到新的水平。
2、突破性的用戶體驗——HiSeq 2000具有簡化和直觀的單個操作員流程，啟動運行僅需10分鐘的手工操作時間。即插即用試劑，觸摸屏界面，以及實時的運程運行監控，讓儀器操作更簡單。文庫制備時96個樣品的平行處理顯著降低了手工操作時間和整體的費用。
3、無可比擬的經濟操作——研究人員以30倍的覆蓋度對兩個人類基因組進行測序，每個基因組的費用不到1萬美元。HiSeq 2000能以單個或兩個流動槽的模式運行，并同時運行需要不同讀長的應用。
應用
HiSeq2000強大的功能和超低的試劑成本可帶領研究人員達到任何測序目標。包括
1、De Novo重頭測序
2、DNA重測序
3、RNA測序：表達譜、轉錄組測序等
4、MicroRNA發現及分析
5、甲基化測序
6、DNA-蛋白互作研究：ChIP-Seq
7、目的區域捕獲
8、外顯子測序
